Bộ máy quan lại thời Trần cũng giống như thời LÝ , được tổ chức theo chế độ quân chủ trung ương tập quyền, gồm ba cấp : triều đình, các đơn vị hành chính trung gian từ lộ đến phủ, huyện, châu và cấp hành chính cơ sở là xã. Ở triều đình, đứng đầu là vua, thời Trần thực hiện chế độ Thái thượng hoàng. Các vua thường nhường ngôi sớm cho con và tự xưng là Thái thượng hoàng, cùng với vua (con) quản lí đất nước.
Các chức đại thần văn, võ phần lớn do người họ Trần nắm giữ.
Hệ thống quan lại bên dưới vẫn như thời Lý, nhưng được tổ chức có quy củ và đầy đủ hơn. Nhà Trần đặt thêm một số cơ quan như Quốc sử viện (đảm nhiệm việc viết sử), Thái y viện (coi việc chữa bệnh trong cung vua), Tôn nhân phủ (nắm sự vụ của họ hàng tôn thất) và một số chức quan như Hà đê sứ, Khuyến nông sứ, Đồn điền sứ... Nhà Trần còn quy định cụ thể thời hạn để xem xét việc thưởng, phạt quan lại.
Các quý tộc họ Trần được phong vương hầu, ban thái ấp. Quan lại được cấp bổng lộc.
cả nước được chia lại thành 12 lộ. Đứng đầu lộ có các chức chánh, phó An phủ sứ. Dưới lộ là phủ, do chức tri phủ cai quản ; châu, huyện do các chức tri châu, tri huyện trông coi. Dưới cùng là xã, do xã quan đứng đầu